בהתאם להחלטת הממשלה בעניין הכרזה על אזורים ויישובים כבעלי עדיפות לאומית מיום 15.4.2018 והחלטת ממשלה מספר 3740, בדבר הפעלת תוכנית לחיזוק ופיתוח קריית שמונה, שלומי ומטולה בשנים 2022-2018, המשרד מבקש לעודד רשויות מקומיות אלה ובתוכן את כלל בתי הספר הרשמיים, להקים ולהפעיל מרכזי חדשנות ויזמות, כחלק ממהלך רחב להטמעת תרבות של חדשנות ויזמות בבתי הספר המקומיים.
מרכזי החדשנות שמוקמים הם מרכזים פיזיים, וירטואליים ומתודולוגיים מעוררי השראה, בהם מפתחים מענים לאתגרים חינוכיים המעסיקים את צוותי ההוראה. מרכזים אלו מוקמים כמרחבים בתוך בתי הספר ויהוו מאיץ ליצירת תרבות ארגונית של חדשנות.
מרכזי החדשנות מיועדים לשרת את הצוותים החינוכיים ואת קהילת בית הספר, יפעלו להרחבת מעגל המשתתפים ויכילו בתוכם מרחבים המזמנים ומאפשרים פעלנות תלמידים וצוותי הוראה, בהתאם לאופיו הייחודי של בית הספר.