עקרונות הכלי מיושמים באורח החיים של התלמיד ובכל זרמי הלמידה אותם הוא פוגש.

כדי לאפשר ארגון נכון של המערכת, יש לקחת בחשבון את ההיבטים הבאים:

ארגון של המערכת הבית ספרית

ארגון הלומדים

ארגון הלמידה

תלמיד הוא "לומד בוחר" בהתאם ליכולותיו, מאפייניו האישיים והיעדים אותם הוא מציב לעצמו. ה״לומד הבוחר" משפיע גם על מיקוד בנושאי הלימוד, דרכי הלמידה ופעולות הערכה מודעות ובחירה.

הכרחי להגדיר באופן מדויק את מרחב הפעולה הנדרש לכל אחד מחלקי הכלי.