במסגרת מסלול המעבדות שבאגף מו"פ, ניסויים ויוזמות, חוברים נציגים ממטה משרד החינוך ונציגים מבתי ספר לעיסוק משותף בסוגיה בעלת חשיבות מערכתית. במסגרת תהליך מונחה חוקרים חברי הקבוצה את הנושא, מגבשים תפיסה משותפת אודותיו, מפתחים מודלים אפשריים להתמודדות עם הסוגייה שבמוקד המעבדה ואף מתנסים בהפעלתם. (לקריאה נוספת על מסלול המעבדות – כאן).
במסגרת המסלול יערכו מפגשים אישיים ומפגשי מליאה, והתנסויות שונות שיבוצעו עם תלמידים.