בית ספר נופים דוגל בחדשנות פדגוגית לשם למידה משמעותית, שבה התלמיד מעורר שאלות, מאתר מקורות מידע, מעבד מידע ויוצר ידע חדש, הרלוונטי לעולמו האישי ולחיים בעידן הטכנולוגי במאה ה-21.
לפיכך, בחר בית הספר להתמקד בדרך של למידה מבוססת פרויקטים - P.B.L, שמהותה למידת חקר המשלבת מגוון תחומי דעת. המורה מעצב תכניות לימודים בהתאם לעניין וליכולת התלמיד, לצד למידה פעילה ועתירת חשיבה של התלמידים, כשהמורה הופך ממוסר ידע למנחה, דרך למידה חקרנית עד הגשת התוצר הסופי.
